Madrasah Aliyah Negeri Lima Puluh (yang sekarang telah berganti nama menjadi MAN Batubara) didirikan pada tanggal 25 November 1995, terletak di Kota Lima Puluh, Kabupaten Asahan (sekarang telah menjadi Kabupaten Batubara). MAN Batubara didirikan sebagai jawaban dari pertanyaan masyarakat sekitar mengenai kemajuan pendidikan yang berkembang di masyarakat. Selama ini, masyarakat selalu dihadapkan pada dua pilihan dalam pendidikan; pertama, jika masyarakat memilih pendidikan yang berbasis agama saja, maka konsekuensi dari pilihan yang diambil adalah kurang mampunya lulusan tersebut di bidang pengetahuan umum, padahal tentu saja pengetahuan umum ini sangat penting untuk mengembangkan kehidupan yang lebih maju dan lebih baik. Kedua, jika masyarakat memilih pendidikan yang fokus kepada ilmu pengetahuan umum saja, maka konsekuensi dari pilihan yang diambil adalah kurang mampunya lulusan tersebut di bidang agama, tentu saja hal ini sangat buruk, karena ilmu agama juga sangat penting sebagai pengendali hidup, baik di dunia dan di akhirat.
Selain itu, mengingat karena belum adanya Madrasah Aliyah Negeri yang berdiri di Kabupaten Batubara yang pada waktu itu masih tergabung ke dalam Kabupaten Asahan, tokoh-tokoh pendidikan dan tokoh-tokoh masyarakat serta alim ulama di lingkungan sekitar sepakat mengambil keputusan untuk mendirikan Madrasah Aliyah Negeri Lima Puluh ( yang sekarang telah berganti nama menjadi MAN Batubara)di Kecamatan Lima Puluh, Kabupaten Batubara. Pada masa itu, hanya ada satu madrasah negeri yang berdiri yaitu Madrasah Aliyah Negeri Kisaran yang jarak tempuhnya sangat jauh dari Kota Lima Puluh.
Sejak awal berdiri, Madrasah Aliyah Negeri Lima Puluh ( yang sekarang telah berganti nama menjadi MAN Batubara)sudah berkeinginan dan bercita-cita menjadi salah satu sekolah unggulan dengan lulusan yang diharapkan mampu diterima di jenjang pendidikan yang lebih tinggi, dan lulusan yang memegang keyakinan teguh serta mengamalkan ajaran agama Islam secara benar dan konsekuen, seperti yang tertuang dalam visi MAN Batubara yaitu, “Unggul dalam prestasi, tangguh dalam kompetisi, santun dalam pekerti, serta peduli lingkungan.”